La notion de mesure de sûreté est doublement incertaine : la loi n'en délimite ni le domaine, ni le régime général. Face à cette lacune, en apparente contradiction avec le développement des mesures de sûreté, la doctrine, depuis longtemps déjà, a tenté de construire la matière sur l'opposition fondamentale entre les peines, sanction pénale de référence, et les mesures de sûreté, dont l'histoire est d'une grande complexité. La jurisprudence a également pris le relai en reconnaissant implicitement l'existence des mesures de sûreté et en requalifiant certaines peines comme telles afin de fonder l'application de règles dérogatoires. L'intervention législative était alors patiemment attendue et c'est avec la loi du 12 décembre 2005 relative au traitement de la récidive des infractions pénales que le législateur est venu amorcer le " renouveau ", la " résurgence " des mesures de sûreté. La loi du 25 février 2008 relative à la rétention de sûreté a permis de confirmer ce mouvement et avec lui le sentiment d'une autonomie naissante des mesures de sûreté. Cependant, si un système juridique original, distinct de celui des peines semble se dessiner à l'aune de cette législation récente, de nombreuses difficultés doivent être dépassées pour pouvoir constater, véritablement, une autonomie des mesures de sûreté. Plus précisément, il est essentiel d'identifier avec certitude les notions en cause, de délimiter leurs frontières et de déterminer les règles qui leurs sont applicables afin d'apprécier opportunément l'éventualité de l'autonomie des mesures de sûreté. Cette recherche, mêlant à la fois droit positif et droit prospectif, permettra de mettre en exergue l'émergence d'une autonomie des mesures de sûreté, une autonomie relative qui repose essentiellement sur la notion de dangerosité mais une autonomie qui mérite d'être édifiée de manière stable pour pouvoir perdurer. Parallèlement, si la notion de dangerosité contribue à justifier l'autonomie des mesures de sûreté, elle est également l'une des principales raisons qui autorise à en discuter la pertinence. Les incertitudes qui entourent l'évaluation de la dangerosité, associées à un régime juridique lacunaire des mesures de sûreté, légitiment les nombreuses critiques dirigées à leur encontre. Pourtant, sous réserve d'une réforme législative d'ampleur, une autonomie raisonnable des mesures de sûreté est concevable. Il ne pourra s'agir que d'une autonomie partielle, car les mesures de sûreté, si elles prétendent intégrer le droit pénal, ne peuvent se départir de la totalité des principes qui y sont applicables.[source éditeur]